Não é um buraco de enredo. Há uma regra no Apontamento Mortal que cobre especificamente isto.
O uso do Apontamento Mortal no mundo humano por vezes afecta a vida de outros humanos ou encurta a sua esperança de vida original, mesmo que os seus nomes não estejam realmente escritos no próprio Apontamento Mortal. Nestes casos, independentemente da causa, o deus da morte vê apenas a esperança de vida original e não a esperança de vida reduzida.
(Fonte: Volume 8 da manga)
Resposta curta: Não importa quanto tempo Misa ganhou com o shinigami, ou quanto perdeu ao reduzir para metade a sua esperança de vida. Cada vez que alguém relevante para o seu destino é morto pela Nota de Morte, o futuro muda e a sua vida é recalculada.
Misa estava a viver para o bem da Luz. A Luz foi morta pelo Apontamento de Óbitos. Teria sido estranho se o seu tempo de vida recalculado não tivesse sido dramaticamente mais curto do que antes.
O facto de ter morrido no Dia dos Namorados no ano seguinte à morte da Luz sugere fortemente que ela cometeu suicídio porque ele estava morto. Isto também é mostrado no final do anime.
Longer Answer: Da mesma forma, matar um assassino com o Apontamento Mortal pode prolongar a vida das suas futuras vítimas, matar alguém com o Apontamento Mortal pode encurtar a vida dos seus entes queridos.
Vemos ambos estes exemplos ocorrerem com Misa. A sua vida tinha terminado com o assalto, mas foi-lhe indirectamente permitido continuar a viver com o Apontamento da Morte. Mais tarde, ela teve uma longa vida pela frente, mas o Apontamento Mortal deu-lhe indirectamente uma morte prematura.
A melhor parte desta regra é a última frase: “Nestes casos, independentemente da causa, o deus da morte vê apenas a vida original e não a vida curta”
Assim, basicamente, a vida que os shinigami vêem não são fidedignamente exactos. Só conseguem ver a duração de vida original da pessoa. Se a Nota de Morte diminuir indirectamente a esperança de vida de alguém, a esperança de vida visível dessa pessoa não mudará.
Esta regra foi muito provavelmente criada pelo autor apenas para ajudar a garantir que não haveria nenhum buraco.
Note: Isto só se aplica à Nota de Morte indirectamente cortando a vida das pessoas. A esperança de vida original do utilizador continuará a diminuir visivelmente se trocar metade da sua esperança de vida por olhos de shinigami (como mostrado quando Rem é reunido com Misa, pois ela é capaz de dizer que Misa trocou novamente metade da sua vida).
A esperança de vida do utilizador também aumentará visivelmente se a Nota de Falecimento prolongar indirectamente a vida de alguém. A regra LIX declara:
Uma morte humana causada pela Nota de Morte prolongará indirectamente a duração de vida original de algum outro humano, mesmo sem uma intenção específica de prolongar a vida original de uma determinada pessoa no mundo humano.
(Fonte: Volume 10 da manga)
A regra sobre a redução da duração de vida, regra XLII, é a única regra que declara que “nestes casos” o shinigami não consegue ver a duração de vida correcta. Nunca há qualquer menção a isto no que diz respeito a uma duração de vida mais longa.