Quando Naruto criou o Rasen-Shuriken pela primeira vez, a técnica estava apenas semi-acabada. Não era suficientemente estável para ser lançada, pelo que Naruto tem de a usar como um ataque corpo a corpo como o Rasengan padrão. No entanto, o pontapé de retorno do jutsu é extremamente perigoso.
Quando o Rasen-Shuriken ataca, dissolve-se numa verdadeira armada de lâminas de vento microscópicas que atacam todas as células do corpo do adversário, cortando a rede de Chakra da vítima. No entanto, devido à sua proximidade do ponto de impacto, Naruto experimenta efeitos secundários semelhantes no braço que empunhava a técnica. Embora os danos na sua rede de Chakra não fossem tão graves, se usados em excesso, tornariam Naruto permanentemente incapaz de moldar o Chakra.
Contudo, depois de Naruto aprender a entrar no Modo Sábio, pode usar o Chakra Sábio para estabilizar a forma do Jutsu, permitindo que este seja atirado como um verdadeiro shuriken. Isto também é verdade para quando Naruto ganha controlo sobre o Chakra das Nove Caudas.
Como uma técnica de longo alcance, o Rasen-Shuriken não representa qualquer perigo para o Naruto.