Encontrei isto na página Wikipedia para Rurouni Kenshin: Reflexão
Kenshin acaba por ser devastado por uma doença desconhecida que é muito semelhante à lepra (os escritores admitiram não haver explicação médica para o estado do Kenshin [citação necessária]). Para partilhar a sua dor, Kaoru convence Kenshin a infectá-la com a doença através de relações sexuais.
A lepra não é uma doença sexualmente transmissível, mas pode ser disseminada através do contacto físico com uma pessoa infectada. Uma vez que se diz que a doença é muito semelhante à lepra, poderia ter sido transmitida a ela quando ela ficou com ele.
Quanto à canonicidade, a história não foi escrita por Nobuhiro Watsuki. Não tenho a certeza se esta história foi considerada cânone ou não, mas o seguinte é uma citação do Wikipedia
Embora Samurai X: Reflexão não foi escrita por Watsuki, ele afirmou que “verificou o guião”[5] Watsuki mencionou não ter entrado no guião, e deixou o realizador “correr à solta com ele”. Em resposta à morte de Kenshin em comparação com o final feliz na versão manga, ele sentiu que o seu próprio trabalho teria eventualmente chegado à morte de Kenshin se ele continuasse a escrever. Ele não tinha desejado seguir essa linha porque “Kenshin passou por tanta porcaria e merecia um final feliz”. Ele sentiu que nenhuma das versões era melhor do que a outra porque “é uma coisa de gosto pessoal”[5].