Porque é que Naruto tem marcas de bigode?

Eles não são actuais bigodes. São marcas de whisker, apenas marcas no seu rosto que se assemelham a bigodes.

Sim, isto tem a ver com o kyuubi. Quando Naruto foi influenciado por Kurama antes do nascimento, ganhou as marcas de bigode:

As características físicas mais proeminentes de Naruto, contudo, são as marcas de bigode no seu rosto que ele ganhou da influência de Kurama sobre ele enquanto esteve no ventre de Kushina.

  - Naruto Uzumaki, Naruto Wiki

A razão pela qual a mãe de Naruto não as teve é porque estas são resultado de exposição prolongada (estar no útero) em vez de a besta ser simplesmente selada dentro do hospedeiro.

Ambos os filhos de Naruto, Bolt e Himawari, têm duas marcas de bigode em cada face, nenhum deles é um Jinchuuriki mas ambos são filhos do Jinchuuriki de Kurama, o que implica que este é um traço herdado.

Naruto obteve as marcas do assobio da raposa de nove caudas enquanto estava no útero da sua mãe porque ambas estavam dentro dela ao mesmo tempo e enquanto Naruto estava no seu útero, as nove caudas tinham provavelmente um pouco do seu poder dado a Naruto.