A última página de Bleach #668 dá algumas pistas.
Yachiru aparece de repente do nada e diz a Kenpachi:
Ganso tonto, se me usasse correctamente, não haveria ninguém que não fosse capaz de cortar.
Ela então toca-lhe, o que faz com que:
ele receba um aumento de poder, o que ele se pergunta.
Ela termina a troca explicando-lhe:
Esse poder é o que todos lhe têm chamado “Bankai”.
Todos estes sugerem o seguinte:
Yachiru é o Bankai de Kenpachi. Ele já não é capaz de chamar o seu Bankai (ele nunca foi capaz, conscientemente - a aparência original pode ter acontecido subconscientemente), portanto, o Yachiru desapareceu.
Alternativamente:
Yachiru é o seu espírito Zanpaktou, uma vez mais, com o qual ele nunca foi capaz de comunicar conscientemente. No entanto, não consigo explicar o seu desaparecimento, se fosse esse o caso.