Há um grande número de diferenças entre os dois anime alquimista Fullmetal, com demasiados para enumerar; por isso, vou apenas cobrir os principais.
Para melhorar o fluxo desta resposta, serão utilizadas as seguintes abreviaturas:
FMAM = Alquimista Fullmetal (Manga)
FMA03 = Alquimista Fullmetal 2003 (Anime)
FMAB = Irmandade Alquimista Fullmetal (Anime)
A razão da diferença é porque a FMA03 foi criada quando a FMAM ainda se encontrava nas fases iniciais do seu desenvolvimento. Quando uma série de anime é baseada numa manga que ainda está em desenvolvimento, a anime vai eventualmente chegar a um ponto em que ultrapassa a manga, porque os episódios de anime tendem a ser desenvolvidos mais rapidamente do que os volumes de manga. Quando isto acontece, ou é criado um enchimento para o anime ou são feitas alterações ao enredo do anime e são feitas personagens para que o anime possa continuar a ser desenvolvido. Este último é o que aconteceu com a FMA03. O enredo da FMA03 começou a divergir do enredo da FMAM após cerca de 10 episódios porque, nessa altura, o anime estava a começar a ultrapassar a manga.
Por outro lado, a FMAB foi criada quando a FMAM se aproximava do fim do seu desenvolvimento. Isto permitiu que o enredo da FMAB fosse mais fiel ao enredo da FMAM, porque a FMAB tinha um enredo mais completo para extrair da FMAM.
As principais diferenças entre FMA03 e FMAB & FMAM são:
Storyline
Embora ambas as histórias sigam Edward e Alphonse, a história geral é consideravelmente diferente entre FMA03 e FMAB & FMAM. Em FMAB & FMAM o antagonista principal foi uma personagem referida como Pai , um ser de incrível poder capaz de realizar transmutação à vontade, e sem consideração por uma troca equivalente. O seu objectivo final em FMAB & FMAM é roubar o poder daquilo a que se refere como “Deus” e tornar-se um ser de infinito poder e conhecimento.
O antagonista principal em FMA03 é Dante. Ao contrário do Pai, ela é apenas um ser humano normal que criou uma Pedra Filosofal e conseguiu viver muito tempo transferindo a sua consciência para o corpo de outros seres humanos sempre que estava perto da morte. A única motivação de Dante é tornar-se imortal e viver para sempre.
The Homunculus
Em FMA03, o Homunculus* foi o resultado de uma tentativa de transmutação e falha humana. Só podiam ser mortos pela destruição do seu corpo original.
Em FMAB & FMAM, os Homúnculos foram criados pelo Pai, com cada um representando um aspecto diferente da sua personalidade ( Lustragem* , Glutonaria* , Envy , Greed* , Wrath , Sloth , e Pride* ; os sete pecados mortais). Cada homúnculo é também alimentado por uma Pedra Filosofal. Ao contrário do Homúnculo da FMA03, o Homúnculo da FMAB & FMAM não tem um corpo “original” que precise de ser destruído. Em vez disso, ou a Pedra Filosofal que os alimenta precisa de ser destruída ou o seu poder drenado (normalmente forçando-os a regenerar várias vezes).
Outra diferença é a identificação do próprio Homúnculo, com alguns Homúnculos da FMAB & FMAM a não aparecerem de todo na FMA03 e outros a terem o seu nome alterado.
Gluttony , Envy* , Lustra* , e Greed* têm o mesmo nome e aparência na FMAB, FMAM, e FMA03.
FMAB & FMAM’s Wrath* (Rei Bradley) é chamado Pride* na FMA03.
FMAB & FMAM’s Pride (Selim Bradley) não está presente na FMA03.
FMA03’s Wrath* é exclusivo da série. Ele foi o resultado da tentativa de Izumi Curtis de reanimar o seu filho.
FMAB & FMAM’s Sloth não está presente na FMA03.
FMA03’s Sloth é exclusiva da série. Ela foi o resultado da tentativa de Ed e Al de trazer de volta a sua mãe.
Hohenheim
Em FMA03, Hohenheim* é apenas um ser humano normal que era originalmente amante de Dante; contudo, ele acabou por abandoná-la devido a já não partilhar o seu desejo de ter a imortalidade a qualquer custo. Tal como Dante, ele criou uma Pedra Filosofal e ganhou uma longa vida ao transferir a sua consciência para o corpo de outra pessoa. O seu papel no anime é muito menor, e fica preso do outro lado do Portal após um confronto com Dante que terminou em fracasso.
Em FMAB & FMAM, Hohenheim era uma Pedra Filosofal humana com uma fonte de energia aparentemente infinita. Embora fosse originalmente um escravo, foi-lhe concedida a sua quaseimortalidade pelo Pai muito antes dos acontecimentos da série. Hohenheim é mais significativo na FMAB & FMAM, enfrentando o Pai no final da série. Ao contrário do Hohenheim da FMA03, ele morre no final da FMAB & FMAM depois de finalmente esgotar o poder da sua Pedra Filosofal.
The Gate
The Gate é a maior mudança importante da série. Em FMAB & FMAM, o Portal é a fonte de toda a alquimia e também parece ser uma fonte de conhecimento infinito. O portão também é guardado por um ser normalmente referido como Verdade , e que é responsável por cobrar as portagens necessárias aos alquimistas que realizam a transmutação humana. Aqueles que são capazes de realizar a alquimia têm o seu próprio portal, e se esse portal for removido (sacrificando-o à Verdade), deixarão de ser capazes de realizar a alquimia.
Na FMA03, o Portal ainda é a fonte da alquimia, mas também serve como um portal entre o mundo do Alquimista de Fetais e Terra*. Além disso, o Portal deriva os seus poderes das almas daqueles que morreram na Terra e é o que potencia as transmutações realizadas pelos alquimistas.