Antes de mais, deve ser mencionado que Archer é um Contra-Guardião e não um Espírito Heróico. Ele é um agente de Gaia (a vontade da Terra) e não é armazenado no Trono dos Heróis como os outros participantes da Guerra do Santo Graal.
A verdadeira identidade de Archer é a de:
Emiya Shirou de uma linha temporal alternativa da rota do Destino (rota do Saber), onde ele entrou em desespero depois da morte de Illyasviel 1 ano após a guerra. Ele tentou tornar-se um herói ao salvar a maioria matando a minoria (como o seu pai, Emiya Kiritsugu). Eventualmente as pessoas que salvou voltaram-se contra ele e evitaram-no, lançando-o ainda mais no desespero, culminando com o sacrifício da sua vida ao fazer um pacto com Gaia para se tornar um Contra Guardião em troca da vida de algumas centenas de pessoas. É convocado para a guerra com o pendente que sempre carregou sobre ele e que Rin usou para o salvar como catalisador, uma vez que Rin não tinha ela própria nenhum catalisador.
Se quiser uma resposta mais profunda, toque o romance visual, pois a segunda rota, Unlimited Blade Works, gira principalmente em torno dele e de Shirou.